如果输卵管病损到不值得或者无法修复，这时考虑做输卵管切除术。许多研究已经显示输卵管积水对IVF成功率有负面作用。这些研究中的两项荟萃分析注意到，妊娠率，植入率，及分娩率下降近50%而自然流产率在存在输卵管积水的情况下是升高的。这可能是积水从宫腔中冲走胚胎，积水使内膜容受性下降或积水对胚胎的直接毒性作用。超声能看到积水的病人受到的影响更明显。随机临床实验比较积水切除或者没有切除病人的妊娠率和结局，结果显示，输卵管切除术恢复了临床妊娠和活产水平，结果和没有积水的病人相似。一篇考克兰分析的结论显示对有交通积水的病人，应当考虑输卵管切除术或者近端闭锁处理。即使单侧输卵管积水，病人IVF妊娠率也降低，单侧输卵管切除导致IVF妊娠率显著改善。切除双侧输卵管积水IVF妊娠率较仅切除单侧积水要高。有数个病例报道单侧输卵管积水切除后发生自然妊娠，25例患者平均不孕时间3年，22例自然怀孕，手术后怀孕的平均时间是5.6个月，无宫外孕发生。因此，对单侧输卵管积水病人，腹腔镜下输卵管切除术（或对适宜的输卵管做造口术）应当考虑。
腹腔镜下输卵管切除要尽量靠近宫角，以尽量减少以后宫外孕发生。输卵管系膜尽量靠近输卵管切断以避免潜在的对卵巢血供的损害。
有认为输卵管切除甚至结扎会导致随后的卵巢储备下降。在一项级别3的研究中，AFC及卵巢血供在宫外孕切除一切输卵管后，在同侧有所下降。然而，一项关于宫外孕输卵管切除前后进行IVF的结局研究发现，在Gn用药时间和剂量上没有显著差异，且峰值雌激素水平也没有差异。进一步，获卵数，两个周期或两个卵巢之间的胚胎质量也没有差异。积水的输卵管切除前后，卵巢刺激或IVF参数也没有不同。
在两个随机对照研究中，对输卵管积水女性，研究者报告了行近端输卵管闭锁处理对恢复IVF妊娠率也是有效的。一项研究比较了IVF前近端闭锁处理和输卵管切除的效果，结果显示，输卵管切除后，卵泡刺激素水平从基线有所升高，但近端闭锁处理没有这种发现。尽管如此，但在卵巢刺激和IVF结局上没有不同。几个研究均发现双极电凝输卵管结扎没有损害卵巢储备。一项RCT发现双极电凝输卵管结扎对卵巢体积和AFC有不利作用，而用机械的夹子没有这种发现。上述任何一项操作技术都没有发现与月经第三天的FSH，雌激素，抑制素B，或AMH的变化有关联。机械夹可能是近端闭锁处理的首选。理论上设想，近端闭锁处理可能导致积水体积的增加，因为积水再无法通过宫腔引流，为此，要考虑在行近端闭锁处理时积水的开窗要更大些。
输卵管积水的近端闭锁处理也可以在宫腔镜下粘堵近端完成，例如用Essurecoilinserts在宫腔镜下栓塞输卵管近端。但是有尾的coils在宫腔中可能会起IUCD的作用，限制IVF胚胎植入。Essurecoils导致的完全的组织封闭（encapsulation）在1年内是17%，13-43个月是25%。
取卵时超声引导的积水穿刺在两个小的回顾性研究中得到相互矛盾的结果。一项随机研究，比较超声引导穿刺与未处理对照，结果显示，穿刺后临床妊娠率显著升高。直觉上，IVF前腹腔镜造口术应当可以改善妊娠率，但仍缺乏实证研究。
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